mikutter

こちらでは再現しませんね。ショートカットキー、GUI上のボタンどちらでも同じように、ダイレクトメッセージとして投稿されます。
他の人でこの問題再現する人いますか

そちらの環境のプラグインの影響の可能性もあります。以下のことを確認してもらえますか

1. 設定＞ショートカットキーの「Control + Return」に割り当てられている機能を確認する。
2. 3.4で同じことを行って再現するか確認する。
3. 全てのサードパーティプラグインを取り除いたうえで同じことを行って確認する。

Ctrl+Enterと投稿ボタンの正確な違いは、キーバインドの方はmikutterコマンド「投稿する」が割り当てられているだけで、投稿ボタンはPostBoxウィジェットの投稿メソッドが直接呼ばれるということです。結局mikutterコマンドも最終的にはPostBoxの投稿メソッドを呼んでいるので、標準的な環境では違いが発生しません。こちらの環境では上記3点を全て試して、問題なく動作していることを確認しました。
ショートカットキー以外にもmikutterコマンド「投稿する」を呼び出す方法はあって、テキストボックスの右クリックメニューにmikutterコマンドが列挙されるので「投稿する」を選びます。これで、キーバインドを変更していてもmikutter標準の「投稿する」を実行することができます。

サードパーティプラグインを全て取り除くのは、--confroot=オプションを利用すると簡単です。詳しくはmikutter --helpの出力を参照してください。

#902同様、postbox_textというマルウェアプラグインが悪さしてました。
すみません。